Analisis Citra Comet Assay

Ini adalah proyek pribadi saya beberapa tahun yang lalu (sekitar tahun 2006) yang (tadinya) disiapkan untuk membantu tugas akhir duwita (yang sekarang menjadi istri saya) di program studi biologi itb. Comet assay merupakan salah satu teknik uji yang dilakukan untuk mengetahui dan memprediksi kerusakan substansi genetik (DNA) baik kualitatif maupun kuantitatif (CMIIW, karena saya bukan mahasiswa biologi :D). Dinamakan komet karena objek yang terbentuk pada citra menyerupai bentuk komet (memiliki bagian kepala dan ekor). Topik tugas akhir istri saya waktu itu adalah pada sel sperma mencit yang didedah (exposed) dengan kadmium (Cd) yang diketahui terdapat pada rokok. Kerusakan ditunjukkan dengan terbentuknya ekor komet (DNA yang sehat akan berbentuk seperti halo karena rantai DNA-nya masih terhubung). Ekor komet muncul karena potongan DNA yang mengalami kerusakan struktur (single/double strand break) bergerak melalui pori-pori agarose akibat stimulus proses elektroforesis. Justifikasi visual dari gambar komet yang terbentuk adalah semakin banyak daerah ekor komet dan semakin kecil ukuran kepala komet dibanding luas area ekor maka kerusakan DNA yang terjadi semakin parah. Adapun ukuran analisis yang dipakai untuk memodelkan kerusakan secara kuantitatif ada bermacam-macam diantaranya panjang ekor (tail length) dan tail moment.

Hal yang menarik perhatian saya waktu itu adalah bahwa pekerjaan yang dilakukan adalah pengolahan dan interpretasi citra. Adapun aplikasi lain yang sudah tersedia baik komersial (COMET) ataupun Open-source(CASP). Aplikasi yang saya buat pun berbasis pada CASP namun saya terpaksa membuat ulang dengan delphi karena saya kesulitan dengan menggunakan library GUI pada CASP (kalau tidak salah menggunakan FOX) dan ada beberapa fitur yang ingin saya tambahkan seperti segmentasi otomatis pada beberapa citra sekaligus dan analisis otomatis terhadap sekumpulan RoI (region of interest) komet yang sudah disegmentasi dan diverifikasi.


Gambar 1 Contoh citra dari CASP

Gambar 1 Contoh citra dari CASP

Pada awalnya cukup mudah untuk melakukan segmentasi kalau menggunakan contoh citra dari CASP (ditampilkan di gambar 1). Namun pada kenyataannya, hasil citra yang didapat tidak terlalu menggembirakan (Gambar 2). Penyebabnya ada banyak hal, diantaranya proses pencitraan (imaging) yang sangat tidak sempurna (menggunakan kamera film yang kemudian didigitalisasi menjadi citra digital), komposisi larutan uji yang kurang tepat sehingga distribusi objek komet menjadi rapat dan terdapat objek noise), dll. Pada awalnya saya sudah menyiapkan untuk fungsi akuisisi langsung (dengan memanfaatkan kamera cctv bawaan mikroskop fluoresens yang terhubung ke tv tuner sehingga bisa diakses menggunakan DirectShow) namun pengadaan tv tuner USB tidak bisa terlaksana dan saya tidak bisa sembarangan mengakses mikroskop karena bertentangan dengan kebijakan biologi (karena saya tidak secara resmi berkepentingan menggunakan perangkat yang aksesnya bagi civitas biologi pun terbatas pada tugas akhir dan penelitian). Sempat juga mengajukan proposal penelitian untuk mempelajari proses terbentuknya komet sehingga prediksi kerusakan bisa lebih akurat sebagai pelengkap dari aplikasi yang saya kembangkan namun sayang proposal tersebut tidak disetujui.

Gambar 2 citra komet hasil pengerjaan

Gambar 2 citra komet hasil pengerjaan

Aplikasinya pun berevolusi karena digunakan juga untuk kepentingan lain (penelitian Document Image Recognition, dan penelitian untuk DMR) sehingga saya tidak bisa mempublikasikan aplikasi yang sudah saya buat.

2 comments

  1. cah angkatan 96/97 · November 11, 2008

    nunig

  2. FITRIANA · Maret 24, 2011

    MASYAALLLLLLAHHHH

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s